Zitat:
da ich aber war3FT drauf hab muss ich ja auch res dateien für alle maps machen wo auf dem server laufen....
Aua, aua... Erstmal vorweg. Ich gewöhne mich ja allmählich an Stichwortschreibweise, fehlende Groß- und Kleinschreibung und fehlende Interpunktion, aber es heißt "DIE" und nicht "WO"!!! 
So, und nun zu Deiner Frage. Da Du offensichtlich den Steam-Client zum starten des Servers verwendest, befinden sich die Standardmaps im GCF-Cache und werden von dort geladen.
Wenn Du einen Dedicated nutzt, würde ich Dir sowieso den Standalone-Server empfehlen (Download-Tool auf http://www.steampowered.com zu finden). Dort gibt es keinen Cache.
Bei einem Listenserver musst Du mal schauen, welche Maps zu CS gehören und dafür Res-Dateien anlegen. Allerdings muss man dafür nicht ResMagic verwenden, da der Client ja schon die Standardwads, etc. besitzt. Ergo einfach die zusätzlichen Dateien für W3FT dort reinschreiben. Mehr ist nicht notwendig.